La testata venne attivata il 2 dicembre 1888 a Varese da un giovane di 23 anni, Giovanni Bagaini, figlio di un pizzicagnolo e ragioniere mancato. Dopo aver completato gli studi superiori, aveva iniziato la professione a Milano, presso "Il Pungolo", dove aveva fatto esperienza giornalistica e maturato l'idea di editare un periodico d'informazione nella natia Varese.  Non possedendo fondi si rivolse ai tipografi Macchi e Brusa che si lasciarono convincere ad editare il settimanale "L'ape Varesina". Il primo numero uscì il 1 Febbraio 1885, ideato e diretto da Bagaini. Ma il 24 Novembre 1888, dopo una breve esperienza, che gli fu assai utile per indagare la città, l'impresa terminò e le pubblicazioni cessarono. Simpatie ne aveva riscosse molte e con la disponibilità di una buona tipografia poteva scrivere per intero il suo giornale. Diede così vita alla "Cronaca Prealpina - Gazzetta dei 3 Laghi" con cadenza bisettimanale il giovedì e la domenica. Fu stabilito che la proprietà del giornale sarebbe stata divisa in parti uguali tra Bagaini e il tipografo Felice Brusa, che avrebbe pensato alla stampa e all'amministrazione. Il 2 dicembre 1891, tre anni dopo la sua fondazione, il periodico divenne quotidiano, ma fu anche il momento della separazione dall'amico Macchi. Bagaini si assunse la proprietà completa, sino al 26 Novembre 1911, giorno in cui presso lo studio notarile di Luigi Zanzi fu costituita la "Società Anonima Cronaca Prealpina", con capitale sociale di 40.000 lire e circa 40 soci. Nel 1928 però Giovanni Bagaini, all'apice della propria carriera di giornalista e di uomo civico, fu estromesso sia dalla proprietà che dalla direzione del quotidiano. La proprietà della testata passò alla Società Editoriale Varesina costituita il 15 marzo 1928 e la direzione del quotidiano venne affidata a Gino Cornali proveniente dal Corriere della Sera. Vari direttori e vari presidenti si susseguirono fino all'indomani della liberazione quando diviene organo ufficiale del CLN: il "Corriere Prealpino" viene affidato al partigiano socialista Federigo Noè. Tornata in possesso del giornale, la Soc. Ed. Varesina, presidente Carlo Tosi dal '46 al '48, cambia la testata in "La Prealpina". In quel periodo vengono aperte le redazioni staccate di Busto Arsizio (1945) e Gallarate (1947). Vari affidamenti in termini di presidenza a notabili del territorio. Stefano Ferrario fu tra questi il rappresentante della classe imprenditoriale che seppe fare fronte ai disastri del conflitto e agire con prontezza creando i presupposti del miracolo economico. Una sede nuova, moderna, un edificio che desse l'immagine del giornale solido, libero, indipendente. Era l'11 Febbraio 1969 e il giornale si trasferiva nella sede che occupa tutt'oggi in via Tamagno 13 a Varese. L'improvvisa scomparsa di Stefano Ferrario, nel 1982, diventò un punto nodale per il quotidiano. Gli subentrò il nipote Roberto Ferrario. Il giornale incominciò un periodo di maturazione e di completamento, attraverso concrete esperienze, che ne arricchirono l'informazione e la diffusione. La crescita fu continua e in pochi anni sfiorò il secondo raddoppio della tiratura, raggiungendo in talune occasioni anche record storici, attorno alle sessantamila copie. Il giornale usciva così dallo stretto ambito locale per imporsi all'attenzione di un bacino di lettori più ampio. Da novembre 1999 ritorna sulla poltrona della direzione Mino Durand che vi resterà ancora per 4 anni esatti. Dal 24 novembre 2003 il nuovo direttore è Roberto Ferrario che, accanto alle responsabilità amministrative e societarie della SEV, prende anche la guida giornalistica della testata dopo una ventennale esperienza di supporto alla redazione. Nel 2011 con l’avvio di una nuova rotativa il quotidiano cambia formato e viene ristrutturato il sito internet www.prealpina.it lanciando il quotidiano online e avviandosi come molte testate contemporanee a cambiamenti tecnologici verso le moderne modalità di informazione.