L'impresa venne fondata nel 1845 per iniziativa di Bernardino Branca. Nel 1860, visto il successo ottenuto dal suo fernet, l'azienda veniva trasferita nel nuovo stabilimento in viale di Porta Nuova a Milano. Nel 1877 i fratelli Luigi e Giuseppe costituirono tra loro una società in nome collettivo sotto la ragione Fratelli Branca. Verso la fine del secolo gli impianti della Branca - come sottolineato da un articolo apparso su la "Cronaca prealpina" del 1895 - erano considerati "i più grandiosi del genere in Italia" e davano lavoro ad oltre 300 operai. La produzione, oltre all'ormai celebre fernet, comprendeva tutta una serie di altri liquori, come ad esempio lo "Stravecchio Branca", che trovavano esito sul mercato nazionale e su quello internazionale. Intanto nel 1891, con la morte di Stefano Branca, il controllo della società passò alla moglie Maria Scala fino all'ingresso del figlio Bernardino. Nel 1907 venne avviato un processo di sviluppo a livello internazionale con l'apertura degli stabilimenti di Buenos Aires, Saint Louis e Chiasso (compresa la nascita della filiale di New York), mentre l'impianto di Milano veniva trasferito nella sede attuale, in via Resegone. Dino Branca assunse la direzione e avviò lo sviluppo dell'azienda a livello internazionale: Fratelli Branca si diffuse in Europa e nelle Americhe, inaugurando nuovi stabilimenti a Buenos Aires, Saint Louis, Chiasso e fondando la filiale di New York. Nel 1955 Bernardino Branca lasciò la presidenza al figlio Pierluigi e nel '63 la società milanese lanciò "Brancamenta", all'epoca considerato un prodotto rivoluzionario. Negli anni Ottanta l'impresa fu protagonista di una nuova fase di rilancio. Nel 1982, infatti, venne acquisito il 50% della Carpano, tre anni dopo con la nascita di Villa Branca Srl. a Mercatale di Val di Pesa entrò nel mercato del vino e dell'olio e nel 1987 acquisì la Distilleria Candolini di Tarcento. Nel 1999, con la morte di Pierluigi Branca, la società passò sotto la presidenza del fratello Pino, mentre il figlio Niccolò assunse la carica di amministratore delegato. Tra il 2001 e il 2003 venne completata l'acquisizione della Carpano, entrò nel portfolio lo storico marchio "Caffè Borghetti" e, infine, venne lanciata "Sensea" una gamma di grappe speciali. Nel 2009 Niccolò Branca è diventato presidente e amministratore delegato della Holding Branca International Spa, nonché presidente della Fratelli Branca Distillerie Srl. e della Fratelli Branca Destilerias Sa.