Negli anni compresi tra il 1890 e il 1916, i Messina si affermarono come proprietari di velieri vinicoli e armatori in proprio in Sicilia. Questo periodo segnò la nascita della flotta che rappresentò un primo passo significativo verso la creazione di un'azienda solida e rispettata nel settore. Il 1903 rappresentò un punto di svolta con la nascita di Ignazio Messina. Sotto la sua guida l'azienda intraprese un cammino di espansione e consolidamento, ampliando le proprie operazioni e rafforzando la propria presenza nel mercato marittimo. Un passo cruciale nella storia dell'azienda fu il trasferimento della sede e della direzione a Genova, che permise di essere più vicini ai principali snodi commerciali e logistici, facilitando così le operazioni aziendali. Negli anni '20, si assistette a un graduale passaggio di poteri da Giuseppe Messina al primogenito Ignazio. Nel 1921 Ignazio Messina iniziò a fornire servizi regolari di linea sotto la ragione sociale “Giuseppe Messina Tabuso” utilizzando navi battenti bandiera italiana per il Nord Africa. Nel 1930 la società prese il nome di “Ignazio Messina & C. - Successori a Gius. Messina & Tabuso”. I servizi si estesero progressivamente verso il Mar Rosso, l'Arabia Saudita e l'Africa Orientale. Dopo la Seconda guerra mondiale, l'azienda avviò servizi di linea anche verso la Tunisia, l'Algeria, il Libano, l'Egitto e l'Africa Occidentale, mantenendo il servizio di linea per l'Africa Orientale e il Mar Rosso anche durante la chiusura del Canale di Suez. Negli anni '50, la terza generazione entrò in azienda con i figli di Ignazio, ovvero Gianfranco, Giorgio e Paolo Messina, portando nuove idee e strategie. L'azienda si specializzò così nei servizi regolari con navi ro-ro container (traghetti progettati per trasportare carichi su ruote). Dopo la riapertura del Canale di Suez, iniziò il servizio per il Mar Rosso e il golfo arabico, esteso successivamente a India, Pakistan e Sudafrica. Nel 1969, venne aperto un terminal capolinea a Genova, a Calata Tripoli, e nel 1977 il terminal venne trasferito a La Spezia Fossamastra. Nel 1982 scomparve il fondatore Ignazio Messina. Nel corso degli anni ‘80 e ‘90 la terza generazione con Andrea Gais, Massimo Messina, Ignazio Messina, Stefano Messina ed Emanuele Messina è entrata progressivamente in azienda. Nel 2001, in occasione dell'ottantesimo anniversario della fondazione della società, i Messina donarono alla città di Genova una grande sfera di vetro, progettata da Renzo Piano, destinata a diventare un grande erbario di felci, una delle ricchezze dell'orto botanico del Comune di Genova, posizionata nel Porto Antico a fianco dell'Acquario, dove negli anni '60 erano ancorate le navi Messina. L’ultimo decennio è stato caratterizzato dalla sottoscrizione di importanti contratti (con cantieri coreani per la costruzione di 8 navi Ro-Ro), dall’ampliamento di nuovi spazi portuali, dal rinnovo di accordi strategici (es. con il Gruppo MSC, con la loro holding Marinvest, ecc.). Inoltre l'impresa ha riorganizzato progressivamente le proprie attività creando specifiche business unit: IML (Ignazio Messina Logistics), IMS (Ignazio Messina Shipping), IMG (General Industrial Services) e IMT (Intermodal Marine Terminal). Nel 2024 infine ha concluso il processo di acquisizione del Terminal San Giorgio nel Porto di Genova.