L'attività prese avvio nel 1751 quando la famiglia Munari decise di rilevare la conduzione del molino di Fontaviva gestito già dal Seicento dai Cappello e contestualmente di acquistare dagli stessi il 50% della proprietà. Dopo oltre mezzo secolo i Munari procedettero all'acquisto della restante quota di proprietà ancora in mano ai Cappello, diventando così gli unici proprietari del molino. I Munari, che oggi sono arrivati all'ottava generazione, supportati da una domanda tendenzialmente in crescita, scelsero di potenziare l'organizzazione produttiva passando da 3 a 5 ruote idrauliche utilizzate per macinare grano, semi oleosi e zolfo. Nel 1921 con l'affermazione della tecnica di macinazione a cilindri, l'attività del molino Munari acquistò un carattere più spiccatamente industriale e negli anni Trenta l'azienda avviò il commercio all'ingrosso e al minuto di granaglie, legumi e farine. A partire dagli anni Cinquanta l'entrata in vigore di norme più severe in materia di produzione e conservazione di prodotti alimentari rese indispensabile un nuovo adeguamento della struttura produttiva con l'apertura al suo interno di un laboratorio d'analisi. L'attività, anche negli anni seguenti, si sarebbe così sempre più diversificata andando a comprendere, per esempio, la produzione di miscele per panificazione, industria dolciaria e snack, di prodotti termotrattati (farine essiccate, crusca) e una grande varietà di farine alimentari. La proprietà dell'impresa è sempre rimasta della famiglia Munari. Nel 1981 l'accomandita semplice Munari F.lli Sas di Munari Antonio e C. venne trasformata nella società per azioni F.lli Munari Spa. Attualmente l'azienda è guidata da Lucia, Enrico, Emanuela e Mauro Munari.