Le origini dell'azienda risalgono al secolo precedente, al 1886, quando Archimede Menarini aprì, nel centro di Napoli, la "Farmacia Internazionale". Nel 1915 a Firenze fu trasferito il centro direzionale con un nuovo stabilimento, lo stesso luogo in cui si trova oggi. Nel 1964 Alberto Aleotti diviene direttore generale della Farmaceutica Menarini e vengono aperti i Laboratorios Menarini a Barcellona. Nell’arco di un decennio a Firenze viene avviata la Divisione Menarini Ricerca&Sviluppo. Gli anni ’90 sono caratterizzati da una rapida espansione nei mercati internazionali: nel 1992 viene acquisita Berlin-Chemie che rappresenta l'espansione nel Centro ed Est-Europa. Nel 2003 viene inaugurato lo stabilimento Menarini Biotech a Pomezia e cinque anni dopo Lucia e Alberto Giovanni Aleotti sono alla guida dell’azienda. Questi anni sono rappresentati da una importante politica di acquisizioni: Gruppo Invida (2011) che consolida la presenza nei mercati asiatici; Silicon Biosystems (20139; joint venture tra Menarini NewTech e BiosYnth nell’area dei vaccini (2016). Nel 2018 il Gruppo Menarini decide di affidare la Presidenza dell'azienda a Eric Cornut e l’anno dopo viene nominato Elcin Barker Ergun quale Amministratore delegato (CEO). Nel 2020 l’acquisizione di Stemline stabilisce la presenza di Menarini nel mercato biofarmaceutico oncologico americano.